AT1G11880.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.723 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : transferases, transferring hexosyl groups | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
transferases, transferring hexosyl groups; FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring hexosyl groups; INVOLVED IN: GPI anchor biosynthetic process; LOCATED IN: integral to membrane, endoplasmic reticulum membrane; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannosyltransferase, PIG-V (InterPro:IPR007315); Has 490 Blast hits to 469 proteins in 237 species: Archae - 6; Bacteria - 111; Metazoa - 123; Fungi - 146; Plants - 40; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 64 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4007909..4010327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55458.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKALESNSK SRKETILIKY AIFSRLLVLF LTILWRSLLQ PYDTSAALNP PCLYHKEDSF PFLVANAASR SLENSVVWDS VYFLRITECG YEYEQTYAFL 101: PLLPFFISLL SRTVFAPLVP LIGLRAVMVL SGFTVSNLAF IFAAIYLFRV SVIILKDTEA SFRASIIFCF NPASIFYSSI YSESLYALFS IGGVYHLLSG 201: TSNVGVLWFA LSGCARSNGI LNAGYICFQT MHRAYEALYQ KRRAYLAMQV FIAGFLRCIC ICLPFVAFQA YGYYNICHGH TRDEVRPWCK GRIPLLYNFI 301: QSHYWGVGFL KYFQFKQLPN FLLASPILSL AVCSIMSYMK SRPELFISLG FQATEKEKRS AARLYSLKDA VEPSVKTSTN EGNHDIRQRK PSSKKDVTGT 401: KVAPEKSGYL SADVFPFIVH LSFMVTTAFF IMHVQVATRF LSASPPLYWF ASSLIGSPKH SKWGYLIWSY CAAYILLGTL LFSNFYPFT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)