AT1G11860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Glycine cleavage T-protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Glycine cleavage T-protein family; FUNCTIONS IN: aminomethyltransferase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: in 6 components; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycine cleavage system T protein (InterPro:IPR006223), Glycine cleavage T-protein, N-terminal (InterPro:IPR006222), Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel (InterPro:IPR013977); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycine cleavage T-protein family (TAIR:AT1G60990.3); Has 18524 Blast hits to 18520 proteins in 1978 species: Archae - 139; Bacteria - 5685; Metazoa - 432; Fungi - 162; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11997 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4001801..4003245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44447.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 408 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRGGSLWQLG QSITRRLAQS DKKVVSRRYF ASEADLKKTA LYDFHVAHGG KMVPFAGWSM PIQYKDSIMD STVNCRENGS LFDVAHMCGL SLKGKDCVPF 101: LETLVVADVA GLAPGTGSLT VFTNEKGGAI DDSVITKVTD EHIYLVVNAG CRDKDLAHIE EHMKAFKSKG GDVSWHIHDE RSLLALQGPL AAPVLQHLTK 201: EDLSKLYFGN FQILDINGST CFLTRTGYTG EDGFEISVPD EHAVDLAKAI LEKSEGKVRL TGLGARDSLR LEAGLCLYGN DMEQHISPVE AGLTWAIGKR 301: RRAEGGFLGA DVILQQLKDG PTIRRVGFFS SGPPARSHSE VHDESGNKIG EITSGGFSPN LKKNIAMGYV KSGQHKTGTK VKILVRGKPY EGSITKMPFV 401: ATKYYKPT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)