AT1G11800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, zinc ion binding; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Endonuclease/exonuclease/phosphatase (InterPro:IPR005135), Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); Has 386 Blast hits to 366 proteins in 96 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 170; Fungi - 14; Plants - 104; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 84 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3985520..3987263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48998.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTTIRFLRI VTSRAMSSSW SCNKCTFLNS ASQKLNCMIC LAPVSLPSLS PPPPSLSISA NDEAKWACKA CTFLNTYKNS ICDVCGTRSP TSSLLGFQDL 101: TDSGLESNDA DSSVGSVFFP LRRCIKRKAM DDDVVEVDGA SVVCSESQGV MKKNKEIETK GVASDSGTPL TCLKILSYNV WFREDLELNL RMRAIGHLIQ 201: LHSPHLICFQ EVTPEIYDIF RKSNWWKAYS CSVSVDVAVS RGYYCMLLSK LGVKSFSSKS FGNSIMGREL SIAEVEVPGR KPLVFATSHL ESPCPGPPKW 301: DQMFSRERVE QAKEAIEILR PNANVIFGGD MNWCDKLDGK FPLPDKWVDV WEVLKPGDLG FTYDTKANPM LSGNRALQKR LDRILCRLDD YKLGGIEMVG 401: KEAIPGLSYV KEKKVRGDIK KLELPVLPSD HFGLLVTLSP K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)