AT1G11590.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT4G03930.1); Has 2848 Blast hits to 2802 proteins in 417 species: Archae - 6; Bacteria - 792; Metazoa - 1; Fungi - 192; Plants - 1830; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:3892634..3894620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58695.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLVKVFSFFI LMITMVVIGV SKEYCDDKQS CQNFLLELKA GSSSLSEIRR RDLLIIVLKN SVRRIDMVMI GVMDDTKQHE EMENDLLGVK EDTKLFEEMM 101: ESTKDRMIRS VEELLGGEFP NRGSYENVHT WLSSVLTSYI TCIDEIGEGA YKRRVEPKLE DLISRARIAL ALFISISPRD NTELISVIPN SPSWLFHVDK 201: KDLYLNAEAL KKIADVVVAK DGTGKYSTVN AAIAAAPQHS QKRFVIYIKT GIYDEIVVIE NTKPNLTLIG DGQDLTIITS NLSASNVRRT FNTATVASNG 301: NGFIGVDMCF RNTAGPAKGP AVALRVSGDM SVIYRCRVEG YQDALYPHSD RQFYRECFIT GTVDFICGNA VAVFQFCQIV ARQPKMGQSN VITAQSRAFK 401: DIYSGFTIQK CNITASSDLD TTTVKTYLGR PWRIFSTVAV MQSFIGDLVD PAGWTPWEGE TGLSTLHYRE YQNRGPGAVT SRRVKWSGFK VMKDPKQATE 501: FTVAKLLDGE TWLKETRIPY ESGL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)