AT1G09660.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding KH domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding KH domain-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: K Homology (InterPro:IPR004087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding KH domain-containing protein (TAIR:AT4G26480.1); Has 1343 Blast hits to 1342 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 810; Fungi - 168; Plants - 277; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 88 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:3128032..3130791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33689.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 298 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMESGAGFVA MEERISPGSF FQYPLSGFRA SPNRSPCPPS DRERYLTELL QERQKLGPFL QVMPNCCRLL NHEIRRVSSF PDLDRYEHGS PFRSLGQPTN 101: GKLDLEGWSM MQAEENCHLQ RASPFRGPSP VGWIGMPGLP NPPIVKKVIR LDVPVDKYPS YNFVGRILGP RGNSLKRVEL ATHCRVFIRG RGSVKDTVKE 201: EKLKGKPGYE HLCEPLHVLI EAELPEDIIN SRLEHAVHFL ESLLKPMDES MDHYKREQLK ELAALNGTLR EESPSPSLSP CLSPSMSPFN SKRAKTEI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)