AT1G09280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rhodanese-like (InterPro:IPR001763), Serine hydrolase (InterPro:IPR005645); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein (TAIR:AT2G40760.1); Has 5925 Blast hits to 5912 proteins in 1592 species: Archae - 0; Bacteria - 2946; Metazoa - 156; Fungi - 408; Plants - 229; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2186 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2998209..3001253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64737.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 581 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTSSCGDHE KQRIEDEEQY GVLLYYKYTS VPDLDELVSF YESSCNSLGL LGRVRLSPKG VNVTVGGKLT ALEEHIAAAK SNCLFEGTDF KLASCHHPLN 101: DKVAEECGFT SLSIRVVEEL VTFSPCPPLK PPEISNAGKH LSAAEFHSVL QSANGKSENK ELVLLDARNL YETRIGKFES ENVETLDPEI RQYSDLPTWI 201: DQNAEKMKGK NVLMYCTGGI RCEMASAYIR SKGAGFENTF QLYGGIQRYL EQFPSGGFFK GKNFVFDHRI SVGSSKEDII GSCLLCNNTF DDYSPRCRCR 301: LCRMLVLVCN HCRVKGDIYI CELCRKHGKG EVPLSLDPLN QPSESNGDNT RRKLRILCLH GFRQNASSFK GRTGSLAKKL KNIAELVFID APHELQFIYQ 401: TATPPSGVCN KKFAWLVSSD FDKPSETGWT VAQCQFDPLQ YQTQTEGFDK SLTYLKTAFE EKGPFDGILG FSQGAAMAAA VCGKQEQLVG EIDFRFCVLC 501: SGFTPWPLLE MKEKRSIKCP SLHIFGSQPG KDRQIVTQAS SDLAGLFEDG CATIVEHDFG HIIPTKSPYI DEIKAFLYQF I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)