AT1G08450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker)
onion epidermal cell layer (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calreticulin 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of three Arabidopsis calreticulins. In CRT-deficient mouse fibroblasts, this protein restores ER Ca2+ levels. Non-receptor component required for EFR-mediated immunity. Mutants show de-repressed anthocyanin accumulation in the presence of elf18, and EFR accumulation and signalling. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calreticulin 3 (CRT3); FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, calcium ion binding; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, endoplasmic reticulum membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Calreticulin/calnexin, P (InterPro:IPR009033), Calreticulin/calnexin (InterPro:IPR001580), Calreticulin/calnexin, conserved site (InterPro:IPR018124), Calreticulin (InterPro:IPR009169), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calreticulin 1b (TAIR:AT1G09210.1); Has 1183 Blast hits to 1180 proteins in 302 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 620; Fungi - 150; Plants - 256; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 157 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:2668008..2671800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49846.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 424 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLPQNKLSF FCFFFLVSVL TLAPLAFSEI FLEEHFEGGW KSRWVLSDWK RNEGKAGTFK HTAGKWPGDP DNKGIQTYND AKHYAISAKI PEFSNKNRTL 101: VVQYSVKIEQ DIECGGAYIK LLSGYVNQKQ FGGDTPYSLM FGPDICGTQT KKLHVIVSYQ GQNYPIKKDL QCETDKLNHF YTFILRPDAS YSVLVDNKER 201: EFGSMYTDWD ILPPRKIKVK NAKKPEDWDD REYIDDPNDV KPEGFDSIPR EIPDRKAKEP EDWDEEENGL WEPPKIPNSA YKGPWKAKRI KNPNYKGKWK 301: NPWIDNPEFE DDPDLYVLKS IKYAGIEVWQ VKAGSIFDNI LICDDPAYAR SIVDDYFAQH RESEKELFAE AEKERKARED EEARIAREEG ERRRKERDHR 401: YGDRRRRYKR PNPRDYMDDY HDEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)