AT1G07410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog A2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog A2B (RABA2b); FUNCTIONS IN: GTP binding, GTPase activity; INVOLVED IN: intracellular protein transport, signal transduction, nucleocytoplasmic transport, protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: endosome, plasma membrane, cell plate; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ran GTPase (InterPro:IPR002041), ADP-ribosylation factor (InterPro:IPR006688), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Ras type (InterPro:IPR003577), Rab11-related (InterPro:IPR015595), Small GTPase, Rho type (InterPro:IPR003578), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A2D (TAIR:AT5G59150.1); Has 28965 Blast hits to 28914 proteins in 772 species: Archae - 29; Bacteria - 152; Metazoa - 15139; Fungi - 4328; Plants - 3313; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 5984 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2276270..2277154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23690.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 214 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANRIDHEYD YLFKIVLIGD SGVGKSNILS RFTRNEFCLE SKSTIGVEFA TRTLQVEGKT VKAQIWDTAG QERYRAITSA YYRGAVGALL VYDITKRQTF 101: ENVLRWLREL RDHADSNIVI MMAGNKSDLN HLRSVADEDG RSLAEKEGLS FLETSALEAT NIEKAFQTIL SEIYHIISKK ALAAQEAAGN LPGQGTAINI 201: SDSSATNRKG CCST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)