AT1G06450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.956 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: ribonuclease activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA modification; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonuclease CAF1 (InterPro:IPR006941), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein (TAIR:AT3G44240.1); Has 884 Blast hits to 883 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 252; Fungi - 148; Plants - 363; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 121 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1965924..1967006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40480.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNEIHQPLAR RVWRSNVDEE MARMAECLKR FPLIAFDTEY PGIIFRTYFD SSSDECYRAM KGNVENTKLI QCGFTLFNAK GEIGGVWEIN FSNFGDPSDT 101: RNELSIEFLR RHGLDLQKIR DEGVDMFGYG FFPKLMTVFR SQKHVEFVTF QGAYDFAYFL SILNHGKLPE THGEFATEVV KVFGQVYDTK VMAGFCEGLG 201: EHLGLSKLAQ LLQITRVGRA HHAGSDSLMT ALVFIKLKHV YEDSRFARGL IYGIGKSNLV AAPAPAPVPE PTLPLMCQQN VASYPVFHNG YVQNYEQPQL 301: VSYDPSGAPW AFCNATGTYV QLTHLPASTF AYPSQTPSAT VDYLGPVPNY YNNNACYVVE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)