AT1G06160.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : octadecanoid-responsive Arabidopsis AP2/ERF 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of the ERF (ethylene response factor) subfamily B-3 of ERF/AP2 transcription factor family. The protein contains one AP2 domain. There are 18 members in this subfamily including ATERF-1, ATERF-2, AND ATERF-5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
octadecanoid-responsive Arabidopsis AP2/ERF 59 (ORA59); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ethylene-responsive element binding factor 15 (TAIR:AT2G31230.1); Has 6527 Blast hits to 6261 proteins in 388 species: Archae - 0; Bacteria - 36; Metazoa - 435; Fungi - 42; Plants - 5810; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 200 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1883046..1883780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27091.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 244 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEYQTNFLSG EFSPENSSSS SWSSQESFLW EESFLHQSFD QSFLLSSPTD NYCDDFFAFE SSIIKEEGKE ATVAAEEEEK SYRGVRKRPW GKFAAEIRDS 101: TRKGIRVWLG TFDTAEAAAL AYDQAAFALK GSLAVLNFPA DVVEESLRKM ENVNLNDGES PVIALKRKHS MRNRPRGKKK SSSSSTLTSS PSSSSSYSSS 201: SSSSSLSSRS RKQSVVMTQE SNTTLVVLED LGAEYLEELM RSCS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)