AT1G06110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.434 nucleus 0.211 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SKP1/ASK-interacting protein 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SKP1/ASK-interacting protein 16 (SKIP16); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ApaG (InterPro:IPR007474); Has 2063 Blast hits to 2061 proteins in 779 species: Archae - 0; Bacteria - 1378; Metazoa - 194; Fungi - 63; Plants - 89; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1853237..1854938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48978.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 436 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLEDAGDLV LHIVLSKIGP ENTARVACVS KRLKVSASEE SLWSIFCSND LNISTPLDPH GDPAPSFKRA YQLWRESFRM YPWNLVKRVR LCWDNLKQWL 101: TLNFPEAKAT LRKGVTEDDL QEFETSLKVK LPLPTRLLYR FVDGQELSSP NGLDGSLGLI GGYSAYSHDV NVYLLPLKEV MRETKESFMR DLGFSSRLDL 201: IVMAASVVAS LKIFLLDCTT GQLFTGTSNR QLLPCVPDAL VRSVHDTNGD QQQDAMLLWL EEHGRRLQTG TINVRQQNNV KSISLFPEIP PLCSVSVTNG 301: VQVRASSVFI PEISNLRDQP PAYWYAYSIR MSLMPEGCIL NGTHHSSCQL YWRHWVIRAD NEVIDNVNGE AVIGKYPLLQ AGEEEFVYES CSSFPTTAGS 401: IDGSFTFVPG SLRDPKGSQF EVKVVEFPLE LPDYIF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)