AT1G05900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endonuclease III 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
endonuclease III 2 (NTH2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA glycosylase (InterPro:IPR011257), Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 (InterPro:IPR003583), Endonuclease III, conserved site-2 (InterPro:IPR004036), Helix-hairpin-helix motif (InterPro:IPR000445), HhH-GPD domain (InterPro:IPR003265); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA glycosylase superfamily protein (TAIR:AT2G31450.1); Has 11954 Blast hits to 11950 proteins in 2636 species: Archae - 340; Bacteria - 7920; Metazoa - 127; Fungi - 171; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3323 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1786896..1789037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34496.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 314 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MILTGAASTF PIVARVLNAM NRRMYAATTL SSAKSISAES LNLRSDSNSE AAHGASESET RVSLRKKRIK QDDLEPVKKC SARETKARKD MCGLPDIEDS 101: PYKKTNGTAS SRTRKLNSYI KSTEASPSAS SIKTAGLGIP PENWEKVLEG IRKMKPSEEA PVNAVECDRT GSFLPPKERR FYVLIGTLLS SQTKEHITGA 201: AVERLHQNGL LTPEAIDKAD ESTIKELIYP VGFYTRKATN VKKVAKICLM EYDGDIPRTL EELLSLPGVG PKIAHLVLHV AWNDVQGICV DTHVHRICNR 301: LGWVSKPGTK QVLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)