AT1G05850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chitinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an endo chitinase-like protein AtCTL1. Essential for tolerance to heat, salt and drought stresses. Also involved in root hair development, cell expansion and response to cytokinin. Allelic to erh2. 11 alleles described in Hauser (1995). Mutant is defective in acquired thermotolerance, appears semidwarf throughout its life cycle and has extra lateral branches. There are two EMS alleles. Expression of AtHSP101 is not affected in the mutants. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
POM-POM1 (POM1); FUNCTIONS IN: chitinase activity; INVOLVED IN: in 9 processes; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chitinase-like protein 2 (TAIR:AT3G16920.1); Has 1965 Blast hits to 1960 proteins in 417 species: Archae - 0; Bacteria - 470; Metazoa - 35; Fungi - 5; Plants - 1415; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 40 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1766833..1768117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35581.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 321 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTIRSGSIV ILVLLAVSFL ALVANGEDKT IKVKKVRGNK VCTQGWECSW WSKYCCNQTI SDYFQVYQFE QLFSKRNTPI AHAVGFWDYQ SFITAAALFE 101: PLGFGTTGGK LMGQKEMAAF LGHVASKTSC GYGVATGGPL AWGLCYNREM SPMQSYCDES WKFKYPCSPG AEYYGRGALP IYWNFNYGAA GEALKADLLN 201: HPEYIEQNAT LAFQAAIWRW MTPIKRAQPS AHDIFVGNWK PTKNDTLSKR GPTFGSTMNV LYGEYTCGQG SIDPMNNIIS HYLYFLDLMG IGREDAGPND 301: ELSCAEQKPF NPSTVPSSSS S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)