AT1G05800.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha/beta-Hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a galactolipase. Located in the chloroplast. Involved in the initial step of jasmonic acid biosynthesis. Expressed in vegetative tissues and is necessary for the biosynthesis of basal-level JAs in vegetative tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DONGLE (DGL); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, class 3 (InterPro:IPR002921); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha/beta-Hydrolases superfamily protein (TAIR:AT2G31690.1); Has 1183 Blast hits to 1177 proteins in 252 species: Archae - 0; Bacteria - 234; Metazoa - 21; Fungi - 238; Plants - 544; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 143 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1741204..1742619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52802.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 471 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAKVFTQNP IYSQSLVRDK TPQQKHNLDH FSISQHTSKR LVVSSSTMSP PISSSPLSLP SSSSSQAIPP SRAPAVTLPL SRVWREIQGS NNWENLIEPL 101: SPILQQEITR YGNLLSASYK GFDLNPNSKR YLSCKYGKKN LLKESGIHDP DGYQVTKYIY ATPDINLNPI KNEPNRARWI GYVAVSSDES VKRLGRRDIL 201: VTFRGTVTNH EWLANLKSSL TPARLDPHNP RPDVKVESGF LGLYTSGESE SKFGLESCRE QLLSEISRLM NKHKGEEISI TLAGHSMGSS LAQLLAYDIA 301: ELGMNQRRDE KPVPVTVFSF AGPRVGNLGF KKRCEELGVK VLRITNVNDP ITKLPGFLFN ENFRSLGGVY ELPWSCSCYT HVGVELTLDF FDVQNISCVH 401: DLETYITLVN RPRCSKLAVN EDNFGGEFLN RTSELMFSKG RRQALHFTNA ATNAAYLLCS ISNHMLYYNI F |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)