AT1G05055.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : general transcription factor II H2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of transcription factor TFIIH complex. Involved in transcription and DNA repair and interacts with AtXPD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
general transcription factor II H2 (GTF2H2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ssl1-like (InterPro:IPR007198), TFIIH basal transcription factor complex, subunit SSL1 (InterPro:IPR012170), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), TFIIH C1-like, C-terminal (InterPro:IPR004595), von Willebrand factor, type A (InterPro:IPR002035); Has 470 Blast hits to 463 proteins in 203 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 183; Fungi - 160; Plants - 39; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 88 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1448913..1450852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46980.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 421 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNQRKRSND EREEEDDEDA EGIGEWERAY VDDRSWEELQ EDESGLLRPI DNSAIYHAQY RRRLRMLSAA AAGTRIQKGL IRYLYIVIDF SRAAAEMDFR 101: PSRMAIMAKH VEAFIREFFD QNPLSQIGLV SIKNGVAHTL TDLGGSPETH IKALMGKLEA LGDSSLQNAL ELVHEHLNQV PSYGHREVLI LYSALCTCDP 201: GDIMETIQKC KKSKLRCSVI GLSAEMFICK HLCQETGGLY SVAVDEVHLK DLLLEHAPPP PAIAEFAIAN LIKMGFPQRA AEGSMAICSC HKEVKIGAGY 301: MCPRCKARVC DLPTECTICG LTLVSSPHLA RSYHHLFPIA PFDEVPALSS LNDNRRKLGK SCFGCQQSLI GAGNKPVPCV TCRKCKHYFC LDCDIYIHES 401: LHNCPGCESI HRPKSVSLME E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)