AT1G04970.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lipid-binding serum glycoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
lipid-binding serum glycoprotein family protein; FUNCTIONS IN: lipid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain (InterPro:IPR017943), Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal (InterPro:IPR017942), Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal (InterPro:IPR001124); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipid-binding serum glycoprotein family protein (TAIR:AT3G20270.2); Has 476 Blast hits to 472 proteins in 65 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 390; Fungi - 0; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1411216..1413431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53496.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 488 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVGRCFLFL LLPSFFFLPS QTQSTDSFTS VLVSQNGLDF VKNLLVNKAI ASIIPLQIPR IEKSMKIPFL GGIDVVVSNL TIYELDVASS YVKLGETGVV 101: IVASGTTCNL SMNWHYSYST WLPPIEISDQ GIASVQVQGM EIGLSLGLKS DEGGLKLSLS ECGCHVEDIT IELEGGASWF YQGMVNAFKD QIGSSVESTI 201: AKKLTEGVSD LDSFLQSLPK EIPVDDNADL NVTFTSDPIL RNSSITFEID GLFTKGETNQ VLKSFFKKSV SLVICPGNSK MLGISVDEAV FNSAAALYYN 301: ADFVQWVVDK IPEQSLLNTA RWRFIIPQLY KKYPNQDMNL NISLSSPPLV KISEQYVGAN VNADLVINVL DANQVIPVAC ISLMIRGSGA LRVMGNNLGG 401: SVSLEDFSMS LKWSNIGNLH LHLLQPIVWT VIQTVFVPYA NDHLEKGFPL PIMHGFTLQN AEIICSESEI TVCSDVAYLD SSQQPQWL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)