AT1G04950.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : TATA BOX ASSOCIATED FACTOR II 59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of two Arabidopsis proteins with significant similarity to the histone fold TBP-associated factor TAF6. Mutants are embryo lethal and transmission of the mutant allele through the male gametophyte is significantly reduced. This is due to reduced pollen tube growth of the mutant. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TATA BOX ASSOCIATED FACTOR II 59 (TAFII59); FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription factor activity, transcription initiation factor activity, DNA binding; INVOLVED IN: pollen tube growth, transcription initiation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1546 (InterPro:IPR011442), Histone-fold (InterPro:IPR009072), TATA box binding protein associated factor (TAF) (InterPro:IPR004823); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: TBP-ASSOCIATED FACTOR 6B (TAIR:AT1G54360.1); Has 496 Blast hits to 490 proteins in 183 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 209; Fungi - 144; Plants - 74; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 69 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1403606..1407184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61368.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 549 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSIVPKETVE VIAQSIGITN LLPEAALMLA PDVEYRVREI MQEAIKCMRH SKRTTLTASD VDGALNLRNV EPIYGFASGG PFRFRKAIGH RDLFYTDDRE 101: VDFKDVIEAP LPKAPLDTEI VCHWLAIEGV QPAIPENAPL EVIRAPAETK IHEQKDGPLI DVRLPVKHVL SRELQLYFQK IAELAMSKSN PPLYKEALVS 201: LASDSGLHPL VPYFTNFIAD EVSNGLNDFR LLFNLMHIVR SLLQNPHIHI EPYLHQLMPS VVTCLVSRKL GNRFADNHWE LRDFAANLVS LICKRYGTVY 301: ITLQSRLTRT LVNALLDPKK ALTQHYGAIQ GLAALGHTVV RLLILSNLEP YLSLLEPELN AEKQKNQMKI YEAWRVYGAL LRAAGLCIHG RLKIFPPLPS 401: PSPSFLHKGK GKGKIISTDP HKRKLSVDSS ENQSPQKRLI TMDGPDGVHS QDQSGSAPMQ VDNPVENDNP PQNSVQPSSS EQASDANESE SRNGKVKESG 501: RSRAITMKAI LDQIWKDDLD SGRLLVKLHE LYGDRILPFI PSTEMSVFL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)