AT1G04750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental)  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? What is ASURE? SUBAcon computations |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vesicle-associated membrane protein 721 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
vesicle-associated membrane protein 7B (At VAMP7B) mRNA, | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vesicle-associated membrane protein 721 (VAMP721); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: endosome, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longin (InterPro:IPR010908), Longin-like (InterPro:IPR011012), Synaptobrevin (InterPro:IPR001388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: synaptobrevin-related protein 1 (TAIR:AT2G33120.1); Has 2472 Blast hits to 2471 proteins in 261 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 997; Fungi - 453; Plants - 611; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 411 (source: NCBI BLink). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:1331857..1333426 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24766.30 Da | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 219 amino acids | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQSLIYSF VARGTVILVE FTDFKGNFTS IAAQCLQKLP SSNNKFTYNC DGHTFNYLVE DGFTYCVVAV DSAGRQIPMS FLERVKEDFN KRYGGGKAAT 101: AQANSLNKEF GSKLKEHMQY CMDHPDEISK LAKVKAQVSE VKGVMMENIE KVLDRGEKIE LLVDKTENLR SQAQDFRTTG TQMRRKMWLQ NMKIKLIVLA 201: IIIALILIIV LSVCHGFKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)