AT1G03680.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : thioredoxin M-type 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a chloroplast thioredoxin similar to prokaryotic thioredoxins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thioredoxin M-type 1 (THM1); FUNCTIONS IN: enzyme activator activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to cold, positive regulation of catalytic activity; LOCATED IN: thylakoid, apoplast, stromule, chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin, core (InterPro:IPR015467), Thioredoxin domain (InterPro:IPR013766), Thioredoxin, conserved site (InterPro:IPR017937), Thioredoxin (InterPro:IPR005746), Thioredoxin-like subdomain (InterPro:IPR006662), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thioredoxin superfamily protein (TAIR:AT4G03520.1); Has 21675 Blast hits to 20380 proteins in 3008 species: Archae - 297; Bacteria - 11532; Metazoa - 2886; Fungi - 1120; Plants - 1860; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 3972 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:916990..917865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19665.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 179 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAYTCTSRP PISIRSEMRI ASSPTGSFST RQMFSVLPES SGLRTRVSLS SLSKNSRVSR LRRGVICEAQ DTATGIPVVN DSTWDSLVLK ADEPVFVDFW 101: APWCGPCKMI DPIVNELAQK YAGQFKFYKL NTDESPATPG QYGVRSIPTI MIFVNGEKKD TIIGAVSKDT LATSINKFL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)