AT1G03380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.684 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of yeast autophagy 18 (ATG18) G | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
homolog of yeast autophagy 18 (ATG18) G (ATG18G); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), Breast carcinoma amplified sequence 3 (InterPro:IPR022175), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homolog of yeast autophagy 18 (ATG18) H (TAIR:AT1G54710.1); Has 888 Blast hits to 884 proteins in 197 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 334; Fungi - 309; Plants - 178; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 61 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:836155..840362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 104583.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 959 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMKKGKGKNS GLLPNSFKII SSCLKTVSAN ATNVASSVRS AGASVAASIS AAEDDKDQVT WAGFGILELG QHVTRHVLLL GYQNGFQVFD VEDASNFNEL 101: VSKRGGPVSF LQMQPLPARS GDHEGFWNSH PLLLVVAGDE TNGTGLGHSF SQNGSLARDG SSDSKAGDAI NYPTTVRFYS LRSHSYVYVL RFRSSVCMIR 201: CSSRVVAVGL ANQIYCVDAL TLENKFSVLT YPVPQPVRQG TTRVNVGYGP MAVGPRWLAY ASKSSMTMKT GRLSPQTFTS SPSLSPSSSS GGSSFMARYA 301: MESSKQLANG LINLGDMGYK TLSKYCQDML PDGSTSPASP NAIWKVGGVS GSDAENAGMV AVKDLVSGAL VSQFKAHTSP ISALCFDPSG TLLVTASVCG 401: NNINVFQIMP SRSHNAPGDL SYEWESSHVH LFKLHRGITS AIVQDICFSQ QSQWVAIISS KGTCHIFVLN SSGSDAAFQP CEGEEPTRLP ASSLPWWFTQ 501: SLSSNQQSLS PPTAVALSVV SRIKYSSFGW LNTVSNATTA ATGKVFVPSG AVAAVFHKSV THDLQLNSRT NALEHILVYT PSGHVVQHEL LPSVCTESPE 601: NGLRVQKTSH VQVQEDDLRV KVEPIQWWDV CRRSDWLETE ERLPKSITEK QYDLETVSNH LTSHEDACLS LDMNSHFSED KYLKSCSEKP PERSHCYLSN 701: FEVKVTSGML PVWQNSKISF HVMDSPRDSS STGGEFEIEK VPAHELEIKQ KKLLPVFDHF HSTKATLEDR FSMKCYHTSA TGSHQVNGKI CQDIINCHSK 801: PGSIESAESS EEGSTKQMEN LHDSDHMSNS IKSSLPLYPT VNGIYKEIEK NNANGWMEKP VTAKLSTLKE TRITNGFTTP PILTDSVNEQ MLSTGKPPMG 901: FGFALHEEHC KAVADPKEEH LKKKLDEVTN VHHLNVNNNN TEKLQGDKMV HGMVSFVGD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)