AT1G03110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Coatomer, alpha subunit (TAIR:AT2G21390.1); Has 13545 Blast hits to 7977 proteins in 481 species: Archae - 46; Bacteria - 4157; Metazoa - 4042; Fungi - 2887; Plants - 1145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1268 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:749359..751796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46446.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 427 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQEESHIEEV EIQNKLEVAP ALISVHPSQK SVAVAVGSDL RIFDLIENCP VSLVDESDGP IRKESIRAIR YSTSGKLFVS AGDDKLVKIW SADSWRCLNT 101: VCSEKRVSAV AISSDDSHVC YADKFGVVWV IELDGINDGK TLPSKKGALL LSHYCSIITS LEFSPDGRYI LSADRDFKIR VTVFPKKPLE GAHEIQSFCL 201: GHSEFITCTA FVSTPELTQG YLMSGSGDST VRLWDITSGS LLDTCEVSTV AGHAESNENE SPTQVTVTDI CAIPNSSLAA VAIQSFQGIF LLSCDLTAHT 301: LSITKVIKIP GESFIPTSIA VSASSRLLWM VSGASNLPGS NHPGFSRVRV ISCLETESSS ILEDEQIPGG TKLLEQLQGK VTIEESVMSA AAEAVRAAMS 401: SLLMKKQYSE EKREFRKRTR NDKKTTR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)