AT1G02170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : metacaspase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Metacaspase AtMCP1b. Arginine/lysine-specific cysteine protease activity. Induces apoptosis in yeast. Contains Pfam profile PF00656: ICE-like protease (caspase) p20 domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
metacaspase 1 (AMC1); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, induction of apoptosis; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, LSD1-type (InterPro:IPR005735), Peptidase C14, caspase catalytic (InterPro:IPR011600); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: metacaspase 2 (TAIR:AT4G25110.1); Has 1179 Blast hits to 1148 proteins in 266 species: Archae - 3; Bacteria - 262; Metazoa - 3; Fungi - 268; Plants - 419; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 224 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:411883..413426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39794.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYPPPPSSIY APPMLVNCSG CRTPLQLPSG ARSIRCALCQ AVTHIADPRT APPPQPSSAP SPPPQIHAPP GQLPHPHGRK RAVICGISYR FSRHELKGCI 101: NDAKCMRHLL INKFKFSPDS ILMLTEEETD PYRIPTKQNM RMALYWLVQG CTAGDSLVFH YSGHGSRQRN YNGDEVDGYD ETLCPLDFET QGMIVDDEIN 201: ATIVRPLPHG VKLHSIIDAC HSGTVLDLPF LCRMNRAGQY VWEDHRPRSG LWKGTAGGEA ISISGCDDDQ TSADTSALSK ITSTGAMTFC FIQAIERSAQ 301: GTTYGSLLNS MRTTIRNTGN DGGGSGGVVT TVLSMLLTGG SAIGGLRQEP QLTACQTFDV YAKPFTL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)