AT1G01940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.984 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cyclophilin-like peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein; FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type, conserved site (InterPro:IPR020892); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: plant U-box 49 (TAIR:AT5G67530.1); Has 17692 Blast hits to 17552 proteins in 2716 species: Archae - 108; Bacteria - 7521; Metazoa - 2867; Fungi - 1402; Plants - 1253; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4541 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:323082..324719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17504.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 160 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSVTLHTNLG DIKCEIFCDE VPKSAENFLA LCASGYYDGT IFHRNIKGFM IQGGDPKGTG KGGTSIWGKK FNDEIRDSLK HNARGMLSMA NSGPNTNGSQ 101: FFITYAKQPH LNGLYTIFGK VIHGFEVLDI MEKTQTGPGD RPLAEIRLNR VTIHANPLAG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)