AT1G01680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant U-box 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
plant U-box 54 (PUB54); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: response to stress, protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UspA (InterPro:IPR006016), U box domain (InterPro:IPR003613); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G01660.1); Has 2251 Blast hits to 2122 proteins in 140 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 203; Fungi - 25; Plants - 1809; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 189 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:246411..248329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35393.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 308 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDAIYVAVN QDVRESKKTL LWALKNLQVK KIFLLHVHLP FSLTTSSSRL EQSEIDAIQD SELNTSVNSL YKYRDICINK GVNEKDVDTS MISGHDVGEG 101: IVELIYQNII TNLVMGAAAD PHYSRGMSIT SRKAEYVSQH APHSCKIWFI CKGKLIKQRE RSFYLGNPSD SFSEFSTSAE KPISKGRRRD EEEEPESPKE 201: HPGWILEPEE SPKKGRKETI EKSKSNESDE DPRLEDFKCP ISMEIMRDPH VAADGFTYEA EEFRKWLRSG GRTSPKTNKP LENHNLVPNH TLRIIIKDWL 301: EKNPNYKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)