AT1G01160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GRF1-interacting factor 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana GRF1-interacting factor 2 (GIF2) mRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GRF1-interacting factor 2 (GIF2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SSXT (InterPro:IPR007726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRF1-interacting factor 3 (TAIR:AT4G00850.1); Has 425 Blast hits to 425 proteins in 91 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 291; Fungi - 20; Plants - 89; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 21 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:72583..73883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21040.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 195 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQQQQSPQMF PMVPSIPPAN NITTEQIQKY LDENKKLIMA IMENQNLGKL AECAQYQALL QKNLMYLAAI ADAQPPPPTP GPSPSTAVAA QMATPHSGMQ 101: PPSYFMQHPQ ASPAGIFAPR GPLQFGSPLQ FQDPQQQQQI HQQAMQGHMG IRPMGMTNNG MQHAMQQPET GLGGNVGLRG GKQDGADGQG KDDGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)