AT5G66730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2-like zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
C2H2-like zinc finger protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087), Zinc finger, double-stranded RNA binding (InterPro:IPR022755); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indeterminate(ID)-domain 2 (TAIR:AT3G50700.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:26641914..26643883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52629.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 500 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPVDLDNSST VSGDASVSST GNQNLTPKSV GKKKRNLPGM PDPDAEVIAL SPKTLMATNR FVCEICNKGF QRDQNLQLHR RGHNLPWKLR QRSTKEVRKK 101: VYVCPVSGCV HHDPSRALGD LTGIKKHFCR KHGEKKWKCE KCSKKYAVQS DWKAHSKICG TKEYKCDCGT LFSRRDSFIT HRAFCDALAE ESAKNHTQSK 201: KLYPETVTRK NPEIEQKSPA AVESSPSLPP SSPPSVAIAP APAISVETES VKIISSSVLP IQNSPESQEN NNHPEVIIEE ASRTIGFNVS SSDLSNDHSN 301: NNGGYAGLFV SSTASPSLYA SSTASPSLFA PSSSMEPISL CLSTNPSLFG PTIRDPPHFL TPLPPQPAMS ATALLQKAAQ MGSTGSGGSL LRGLGIVSTT 401: SSSMELSNHD ALSLAPGLGL GLPCSSGGSG SGLKELMMGN SSVFGPKQTT LDFLGLGRAV GNGGNTGGGL SALLTSIGGG GGIDLFGSGE FSGKDIGRSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)