AT5G64520.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.900 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of X-ray repair cross complementing 2 (XRCC2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein of the XRCC2 family involved in DNA repair. atxrcc2-1 Mutants are sensitive to MitomycinC but do not show fertility defects. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of X-ray repair cross complementing 2 (XRCC2) (XRCC2); Has 216 Blast hits to 214 proteins in 83 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 116; Fungi - 49; Plants - 37; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:25788069..25790204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42363.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 372 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDDEARSWI RGDETAKQML SRVLKDRAFL LIPPLHRVPL RAGNVVEITG ASTSAKTQIL IQAAISCILP KTWNGIHYGG LGKLVLFLDL DCRFDVLRLS 101: QMLKHRLLQA NWLGNGAWWQ LEESNVKSCK SAEEKTKTVF DEELYASCMK RFLYVRCYDS LELLSSLKTL HYRIQQQEAC GSQVGVLMID SIGAFHWTDR 201: LSSSLALETH NRKSLSLTNV VETIVQELKK LLLVHSLVVL ATKGTIYEEK YPANENNRKV SSNDHFSGNV ASKAQQPPFR EFMPSSWQAF VTHKIIIRKS 301: ADYQSLQTGQ QNLLAYSLEW LQPQLSRIDR FIVDDVRKLT TIKPFYSKLL LIYIVIPASS SHAVWYCHCL VT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)