AT5G62300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S10p/S20e family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S10p/S20e family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, RNA binding; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, small ribosomal subunit, cell wall; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S10, conserved site (InterPro:IPR018268), Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005729), Ribosomal protein S10 (InterPro:IPR001848); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S10p/S20e family protein (TAIR:AT3G45030.1); Has 7487 Blast hits to 7487 proteins in 2603 species: Archae - 270; Bacteria - 4745; Metazoa - 380; Fungi - 144; Plants - 182; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1766 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25021388..25022235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13879.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 124 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATAYQPMKP GKAGLEEPLE QIHKIRITLS SKNVKNLEKV CTDLVRGAKD KRLRVKGPVR MPTKVLKITT RKAPCGEGTN TWDRFELRVH KRVIDLFSSP 101: DVVKQITSIT IEPGVEVEVT IADS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)