AT5G58070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.990 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : temperature-induced lipocalin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a temperature-induced lipocalin TIL1. Involved in thermotolerance. Peripherally associated with plasma membrane. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
temperature-induced lipocalin (TIL); FUNCTIONS IN: binding, transporter activity; INVOLVED IN: transport, response to cold, response to light stimulus, response to heat; LOCATED IN: mitochondrion, endoplasmic reticulum, plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipocalin, bacterial (InterPro:IPR002446), Lipocalin, ApoD type (InterPro:IPR022271), Lipocalin-like (InterPro:IPR013208), Lipocalin conserved site (InterPro:IPR022272), Calycin (InterPro:IPR012674), Calycin-like (InterPro:IPR011038); Has 2007 Blast hits to 1991 proteins in 692 species: Archae - 0; Bacteria - 1480; Metazoa - 169; Fungi - 10; Plants - 132; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 210 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:23500512..23501156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21435.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 186 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTEKKEMEVV KGLNVERYMG RWYEIASFPS RFQPKNGVDT RATYTLNPDG TIHVLNETWS NGKRGFIEGS AYKADPKSDE AKLKVKFYVP PFLPIIPVTG 101: DYWVLYIDPD YQHALIGQPS RSYLWILSRT AQMEEETYKQ LVEKAVEEGY DISKLHKTPQ SDTPPESNTA PEDSKGVWWF KSLFGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)