AT5G55930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : oligopeptide transporter 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
oligopeptide transporter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
oligopeptide transporter 1 (OPT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetrapeptide transporter, OPT1/isp4 (InterPro:IPR004648), Oligopeptide transporter OPT superfamily (InterPro:IPR004813); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: oligopeptide transporter 5 (TAIR:AT4G26590.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:22652988..22655827 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85353.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 755 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTSVFDEHKP SDDSHESKIV INGEEEVLEE ENDNPIEEVR LTVPITDDPT LPVLTFRTWT LGLFSCILLA FVNQFFGFRS NQLWVSSVAA QIVTLPLGKL 101: MAKTLPTKKF GFPGTNWSWS FNPGPFNMKE HVLITIFANT GAGGVYATSI ITIVKAFYNR QLNVAAAMLL TQTTQLLGYG WAGIFRKFLV DSPYMWWPSN 201: LVQVSLFRAL HEKEDLQKGQ QTRFRFFIIV FCVSFAYYII PGYLFPSISA ISFVCWIWKS SVTAQIVGSG LKGLGIGSFG LDWSTVAGFL GSPLAVPFFA 301: IANFFGGFFI FLYIVLPIFY WTNAYDAQKF PFYTSHTFDQ TGHTYNITRI LNEKNFDINL DAYNGYSKLY LSVMFALLYG LSFGSLCATI SHVALYDGKF 401: IWGMWKKAKT ATKDKYGDVH SRLMKKNYQS VPQWWFIAVL VISFAFALYA CEGFDKQLQL PWWGLILACA IALFFTLPIG VIQATTNQQM GLNVITELII 501: GYLYPGKPLA NVAFKTYGYI SMSQALYFVG DFKLGHYMKI PPRSMFIVQL VATVVASTVC FGTTWWLITS VENICNVDLL PVGSPWTCPG DEVFYNASII 601: WGVIGPGRMF TKEGIYPGMN WFFLIGLLAP VPFWYLSKKF PEKKWLKQIH VPLIFSAVSA MPQAKAVHYW SWAIVGVVFN YYIFRRFKTW WARHNYILSA 701: ALDAGTAIMG VLIFFAFQNN DISLPDWWGL ENSDHCPLAH CPLAKGVVVE GCPVF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)