AT5G53470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : acyl-CoA binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an acyl-CoA binding protein that is localized to vesicles,and plasma membrane especially in epidermal cells of heart, torpedo and cotyledon stage embryos, cell wall of the seed coat. Northern blot analysis showed that the 1.4 kb ACBP1 mRNA was expressed in silique, root, stem, leaf and flower. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
acyl-CoA binding protein 1 (ACBP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Acyl-CoA-binding protein, ACBP (InterPro:IPR000582), FERM/acyl-CoA-binding protein, 3-helical bundle (InterPro:IPR014352), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: acyl-CoA binding protein 2 (TAIR:AT4G27780.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21710497..21712391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37528.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 338 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADWYQLAQS IIFGLIFAYL LAKLISILLA FKDENLSLTR NHTTQSEYEN LRKVETLTGI SGETDSLIAE QGSLRGDEDE SDDDDWEGVE STELDEAFSA 101: ATAFVAAAAS DRLSQKVSNE LQLQLYGLYK IATEGPCTAP QPSALKMTAR AKWQAWQKLG AMPPEEAMEK YIDLVTQLYP AWVEGGSKRR NRSGEAAGPM 201: GPVFSSLVYE EESDNELKID AIHAFAREGE VENLLKCIEN GIPVNARDSE GRTPLHWAID RGHLNVAEAL VDKNADVNAK DNEGQTSLHY AVVCEREALA 301: EFLVKQKADT TIKDEDGNSP LDLCESEWSW MREKKDSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)