AT5G52440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Bacterial sec-independent translocation protein mttA/Hcf106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
HCF106; nuclear gene for chloroplast. Thylakoid membrane delta pH translocation pathway component protein; related to Escherichia coli TatA and TatB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HIGH CHLOROPHYLL FLUORESCENCE 106 (HCF106); FUNCTIONS IN: proton motive force dependent protein transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: protein import into chloroplast thylakoid membrane; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bacterial sec-independent translocation protein mttA/Hcf106 (InterPro:IPR003369), Twin-arginine translocation protein TatA/E (InterPro:IPR006312); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Bacterial sec-independent translocation protein mttA/Hcf106 (TAIR:AT5G28750.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21286896..21288613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28233.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 260 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMALQIIAS SSSSPTITKS HLFSYPPLQS RYKASKPNLS SWFSLLGSSR FSPYIGLKHL GISISPKSSN PEKKRRCKSM MIRASLFGVG APEALVIGVV 101: ALLVFGPKGL AEVARNLGKT LRTFQPTIRE LQDVSRDFKS TLEREIGLDD ISTPNVYNQN RTNPVQPPPP PPPPSVPSTE APVTANDPND SQSPKAYTSE 201: DYLKFTEEQL KALSPAESQT EDQTQTQEPP QPTTVQTPTG ESQPNGTARE TTAASPPRQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)