AT5G47960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog A4C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a small molecular weight g-protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog A4C (RABA4C); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: protein transport, small GTPase mediated signal transduction; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab11-related (InterPro:IPR015595); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A4D (TAIR:AT3G12160.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19421533..19422473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24840.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 223 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSKFQSNFNQ KIDYVFKVVL IGDSAVGKSQ LLARFSRNEF SIESKATIGV EFQTRTLEID RKTIKAQIWD TAGQERYRAV TSAYYRGAVG AMLVYDITKR 101: QSFDHVARWL EELRGHADKN IVIMLIGNKT DLGTLRAVPT EDAKEFAQRE NLFFMETSAL DSNNVEPSFL TVLTEIYRIV SKKNLVANEE GESGGDSSLL 201: QGTKIVVAGE ETESKGKGCC GTS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)