AT5G40010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AAA-ATPase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AAA-ATPase 1 (AATP1); FUNCTIONS IN: nucleoside-triphosphatase activity, ATPase activity, nucleotide binding, ATP binding; EXPRESSED IN: stem, inflorescence meristem, root, flower, stamen; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT3G28580.1); Has 35875 Blast hits to 26437 proteins in 2942 species: Archae - 1242; Bacteria - 8120; Metazoa - 8429; Fungi - 4077; Plants - 2736; Viruses - 205; Other Eukaryotes - 11066 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16020218..16021762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60350.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 514 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKMGEVWTN TGSALASLVF IYTIFERFFP YRLREHFEPL AQSLIGFIYP YIQITFHEYS GERFKRSDVY DAIQSYLSKD SSSRAKKLTA NTIKGNKSII 101: LSMDDHEEIT DEFQGVKVWW QSKKHQSESR AISFYPKADE SRFYMLKFHR RDREVITKKY LNHVISEGKT IEVKNRERKL YSNNPSQNWS GYKQTKWSHV 201: TFEHPATFDT LAMEYKKKEE IKNDLIKFSN SKDYYKKIGK AWKRGYLLFG PPGTGKSTMI AAMANLLEYD VYDLELTTVK DNTELRRLLI ETSGKSIIVI 301: EDIDCSLDLT GQRKQKKDEE EDEDETSPIE KQMKKDQGEN KGSKVTLSGL LNFIDGLWSA CGGERIIVFT TNFIDKLDPA LIRKGRMDKH IEMSYCGFEA 401: FKVLANNYLD AKEEDDNELF DEIKRLLEVE EIKMTPADVG ENLLKKSEVE TKEICLKRLI EALKEEKEEA KRRIEDEEKK KKEEEEIKRK KREEKKIKKE 501: EKEEKEENET TMKD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)