AT5G38970.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.981 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : brassinosteroid-6-oxidase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a polypeptide involved in the C-6 oxidation of brassinosteroids. Heterologous expression of the protein in yeast conferred the ability to catalyze multiple reactions in which the C-6 position of 6-deoxocastasterone, 6-deoxotyphasterol, 3-dehydro-6-deoxoteasterone and 6-deoxoteasterone are oxidized. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
brassinosteroid-6-oxidase 1 (BR6OX1); FUNCTIONS IN: monooxygenase activity, oxygen binding; INVOLVED IN: brassinosteroid homeostasis, brassinosteroid biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: fruit; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, E-class, group IV (InterPro:IPR002403), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: brassinosteroid-6-oxidase 2 (TAIR:AT3G30180.1); Has 28933 Blast hits to 28862 proteins in 1616 species: Archae - 48; Bacteria - 4699; Metazoa - 10231; Fungi - 5134; Plants - 7576; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1242 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15594935..15597774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53770.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 465 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAMMVMMGL LLIIVSLCSA LLRWNQMRYT KNGLPPGTMG WPIFGETTEF LKQGPNFMRN QRLRYGSFFK SHLLGCPTLI SMDSEVNRYI LKNESKGLVP 101: GYPQSMLDIL GTCNMAAVHG SSHRLMRGSL LSLISSTMMR DHILPKVDHF MRSYLDQWNE LEVIDIQDKT KHMAFLSSLT QIAGNLRKPF VEEFKTAFFK 201: LVVGTLSVPI DLPGTNYRCG IQARNNIDRL LRELMQERRD SGETFTDMLG YLMKKEGNRY PLTDEEIRDQ VVTILYSGYE TVSTTSMMAL KYLHDHPKAL 301: QELRAEHLAF RERKRQDEPL GLEDVKSMKF TRAVIYETSR LATIVNGVLR KTTRDLEING YLIPKGWRIY VYTREINYDA NLYEDPLIFN PWRWMKKSLE 401: SQNSCFVFGG GTRLCPGKEL GIVEISSFLH YFVTRYRWEE IGGDELMVFP RVFAPKGFHL RISPY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)