AT5G37380.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Chaperone DnaJ-domain superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Chaperone DnaJ-domain superfamily protein; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, heat shock protein binding; INVOLVED IN: protein folding; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Heat shock protein DnaJ (InterPro:IPR003095); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein (TAIR:AT5G53150.1); Has 20231 Blast hits to 19941 proteins in 3237 species: Archae - 147; Bacteria - 8602; Metazoa - 3333; Fungi - 1703; Plants - 2044; Viruses - 29; Other Eukaryotes - 4373 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14817035..14818330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48255.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 431 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MECNKDEATR AKEIAENKFK MKDIAGAKKF ALKAQNLYPE IEGVSQMLAT LDVYIAAENK VNEDVDWYGI LNASPRDDDE TLKRKYRKLA LMLHPDKNKS 101: IGAEGAFKHV SEAWKFLSDK EKRAAYDRRK SLHSVYQKVS VSSSNNGFCN FAKTTFTTNA RTTTPRNNPP AQKTNPPAQK TNPPAQKTNP PAQKNNPPTQ 201: KNNPQKPVGT TQKTGRTDNH TTTPNSFTAS GSSDQSKSNT FWTVCRRCMM QYEYLRVYVN CNLRCPNCLQ SYLAVEVPKP GISSRWSSCS RLKSAANHNT 301: TSGLFNNSKW TFSRTSSAAH AASVVQHAYE KVKKDREQAK ATARREKKNA KRKSTTDSSA SGSSLKKRKV CLETDIGCSS GREVTYRVTG ENGKNMGKLE 401: HGTKESADKL SLRRTQRKIS KENVTREVKS R |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)