AT5G23210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 34 (SCPL34); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: vacuole, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563), Peptidase S10, serine carboxypeptidase, active site (InterPro:IPR018202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 35 (TAIR:AT5G08260.1); Has 3785 Blast hits to 3735 proteins in 437 species: Archae - 0; Bacteria - 325; Metazoa - 634; Fungi - 858; Plants - 1544; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 424 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7810892..7814837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56331.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 499 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGSHSVEFSV LVLFLVSFLL GSTSAEKLCS DNDGDNGCFR SRVLAAQRAD RVKELPGQPP VKFRQYAGYV TVNETHGRAL FYWFFEATQN PSKKPVLLWL 101: NGGPGCSSIG FGAAEELGPF FPQNSSQPKL KLNPYSWNKA ANLLFLESPV GVGFSYTNTS RDIKQLGDTV TARDSYNFLV NWFKRFPQYK SHDFYIAGES 201: YAGHYVPQLS ELIYKENKIA SKKDFINLKG LMIGNALLDD ETDQKGMIEY AWDHAVISDA LYEKVNKNCD FKQKLVTKEC NDALDEYFDV YKILDMYSLY 301: APKCVPTSTN SSTSHSVAGN RPLPAFRSIL RPRLISHNEG WRRMAAGYDP CASEYTEKYM NRKDVQEALH ANVTNISYPW THCSDTVSFW SDAPASMLPT 401: LRTLVSAGLR VWVFSGDTDG RIPVTATRYS LKKLGLKIVQ DWTPWYTKLQ VGGWTVEYDG LMFVTVRGAG HQVPTFKPRE ALQLIHHFLG NKKLPTFPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)