AT5G21990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.962 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type (InterPro:IPR001179); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein (TAIR:AT5G48570.1); Has 3652 Blast hits to 3437 proteins in 299 species: Archae - 17; Bacteria - 74; Metazoa - 1859; Fungi - 377; Plants - 620; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 705 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7273395..7276318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60760.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 554 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFNGLMDPEM IRLAQDQMSR MTPADFARIQ QQMMSNPDLM NMATESMKNM RPEDLKQAAE QLKHTRPEDM AEISEKMAKA SPEDIAAMRA HADAQFTYQI 101: NAAQMLKKQG NELHSRGNFS DAAEKYLRAK NNLKEIPSSK GGAILLACSL NLMSCYLKTN QHEECIKEGS EVLGYDARNV KALYRRGQAY RDLGLFEDAV 201: SDLSKAHEVS PEDETIADVL RDVKERLAVE GPGKASRGVV IEDITEENNV TSGENKKPSK EANGHAQGVK TDVDGLQALR DNPEAIRTFQ NFISKTDPDT 301: LAALSGGKAG DMSPDMFKTA SSMIGKMSPE EIQKMVQTAS SFKGDNPFAP TAPSTENGFT PTPDMLKLAS DMMGKMSPEE RERMFNMASS LKANAPASTS 401: YGNAEASEPR ESLGASGSSS GNSFVAPRSG FEPSIPSAPP ADLQEQMRNQ MKDPAMRQMF TSMIKNMNPE MMASMSEQFG MKLSQEDAAK AQQAMASLSP 501: DALEKMMRWA DRAQTGMEKA KKAKKWLFGK GGLIFAILML VLAMVLHRLG YIGN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)