AT5G21040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.934 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an F-box containing protein that interacts physically with BHLH32 and appears to be involved in mediating phosphate starvation responses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
F-box protein 2 (FBX2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT2G43770.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7145058..7146677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60558.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 539 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFECQERLE AANDQRSESG LLNTDLRIGN DGSVEIPNVK LCCQKKKGTL VPSGSKQLLS DKDLSTTIID LPQALISEIL NCLDPKELGL VSCVSTYLHR 101: LASEHHAWKE FYRERWGLPV VFGAASSGLS DERSWKDLFV EREFRSRTFL GRYSIDTLYG HTEAVRTVFL LASAKLVFTS GYDSIVRMWD MEEGLSIAAS 201: KPLGCTIRAL AADTKLLVAG GTDGFIHCWK SLDGLRNLFD LTGFQKEKTE FRLWGHEGPI TSLALDMTSI FSGSWDMSVR IWDRSSMKCV KTLRHSDWVW 301: GLAPHETTLA STSGSDVYIW DVSSETPLAI IPDAHEGTTY SLARSHTGDF LFTGGEDGGI KMFEIRRYGS ETSVVLISQW MPHTSPVYSL SFEFPWLVSA 401: SGDGKLALID VRKLLKTNRC AYSKRISSST VEPPQRMLHG FGSNLFSVDV GYDRIVCGGE EGTVRIWNFT QALEIERRTR ALKGMRHENR MRRRRMQMEM 501: NAKNGRPDQC SIAAHKNPIN GERNRAWHSK RRASGKAKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)