AT5G20230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : blue-copper-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Al-stress-induced gene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
blue-copper-binding protein (BCB); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, copper ion binding; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to salt stress, aluminum ion transport, response to wounding, response to absence of light; LOCATED IN: anchored to plasma membrane, plasma membrane, vacuole, anchored to membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plastocyanin-like (InterPro:IPR003245), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Blue (type 1) copper domain (InterPro:IPR000923); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cupredoxin superfamily protein (TAIR:AT1G72230.1); Has 2817 Blast hits to 1998 proteins in 202 species: Archae - 2; Bacteria - 847; Metazoa - 51; Fungi - 106; Plants - 1463; Viruses - 11; Other Eukaryotes - 337 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6826626..6827408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20054.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 196 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGVFKTVTF LVLVFAAVVV FAEDYDVGDD TEWTRPMDPE FYTTWATGKT FRVGDELEFD FAAGRHDVAV VSEAAFENCE KEKPISHMTV PPVKIMLNTT 101: GPQYFICTVG DHCRFGQKLS ITVVAAGATG GATPGAGATP APGSTPSTGG TTPPTAGGTT TPSGSSGTTT PAGNAASSLG GATFLVAFVS AVVALF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)