AT5G19890.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Peroxidase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Peroxidase superfamily protein; FUNCTIONS IN: peroxidase activity, heme binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, response to oxidative stress; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Haem peroxidase (InterPro:IPR010255), Plant peroxidase (InterPro:IPR000823), Peroxidases heam-ligand binding site (InterPro:IPR019793), Haem peroxidase, plant/fungal/bacterial (InterPro:IPR002016), Peroxidase, active site (InterPro:IPR019794); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peroxidase superfamily protein (TAIR:AT5G06730.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6724372..6725877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35025.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 328 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKTQTKVMGG HVLLTVFTLC MLCSGVRAQL SPDIYAKSCP NLVQIVRKQV AIALKAEIRM AASLIRLHFH DCFVNGCDAS LLLDGADSEK LAIPNINSAR 101: GFEVIDTIKA AVENACPGVV SCADILTLAA RDSVVLSGGP GWRVALGRKD GLVANQNSAN NLPSPFEPLD AIIAKFVAVN LNITDVVALS GAHTFGQAKC 201: AVFSNRLFNF TGLGNPDATL ETSLLSNLQT VCPLGGNSNI TAPLDRSTTD TFDNNYFKNL LEGKGLLSSD QILFSSDLAV NTTKKLVEAY SRSQSLFFRD 301: FTCAMIRMGN ISNGASGEVR TNCRVINN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)