AT5G15610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Proteasome component (PCI) domain protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Proteasome component (PCI) domain protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Proteasome component (PCI) domain protein (TAIR:AT3G02200.2); Has 426 Blast hits to 426 proteins in 186 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 183; Fungi - 114; Plants - 66; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 63 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5079579..5081929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49770.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 442 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTIVPTSEE DPYLAIVRFT SQLAWADAGP EVAEPEVSRL CKEAEESIIN GKWLDLATLM VTSADLVSAK ISEKDLECTY TIICNLVKNA NSPEEVLEMV 101: KAIAAKVIQQ PNDKASLRLK ILFNLYNLVD HPNARFQVYM KALELAVNGK VTEYIVPSFK KIDSFLKEWN IDIKDQRELF LAIAKVLREN KSFAKESLQF 201: VTNYLATFSN EDTQVLSEAK EEAVRAVIEF VKAPSIFQCD LLDHPAVAQL EKDPNNAPVY QLLKIFLTQR LDAYMEFQNA NSGFLQTYGL VEEDCVAKMR 301: LLSLVDLASD DSGKIPYASI KNTLQVNDEE VELWVVKAIT AKLVACKMDQ MNQVVIVRQV SNLLLFRFIC VNPKSHILVL HICSCISRCA EREFGQKQWQ 401: SLRTKLAAWR DNVRNVISTI ESNKATEEGT QTSSAAQGLT VR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)