AT5G13050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 5-formyltetrahydrofolate cycloligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
5-Formyltetrahydrofolate cycloligase (5-CHO-THF cycloligase - AT5G13050.1) regulates/influences under photorespiratory conditions the activity of another gene product, i.e. serine hydroxymethyltransferase (SHMT) due to accumulating amounts of 5-Formyltetrahydrofolate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
5-formyltetrahydrofolate cycloligase (5-FCL); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase (InterPro:IPR002698); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4136912..4138711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31234.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 277 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIGARVFCIT TTALRRSPIF FFPKIPTRPV FRLSPATRPI VAMSTTSKNQ EELDSIFKQK RVVRSTVRKS LKAMDPSLRT QQDEAIQKTV LEAPWFKSCK 101: GLCAYISCKS LNEVDTSKIL SEILQHPDSN TQKKLYVPWV EDKNSNMRML HISHMEDLVA NSMNILEPAP VDAQGNDRED VLQADEPIDL FILPGLAFDR 201: CGRRLGRGGG YYDTFLKRYQ DRAKEKGWRY PLMVALSYSP QILEDGSIPV TPNDVLIDAL VTPSGVVPIT PRATESM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)