AT5G11880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pyridoxal-dependent decarboxylase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pyridoxal-dependent decarboxylase family protein; FUNCTIONS IN: diaminopimelate decarboxylase activity; INVOLVED IN: lysine biosynthetic process via diaminopimelate; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: guard cell, cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal (InterPro:IPR009006), Ornithine/DAP/Arg decarboxylase (InterPro:IPR000183), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal (InterPro:IPR022644), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal (InterPro:IPR022643), Diaminopimelate decarboxylase (InterPro:IPR002986), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site (InterPro:IPR022657), Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR022653); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pyridoxal-dependent decarboxylase family protein (TAIR:AT3G14390.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3827806..3829942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54167.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.65 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAVTQFLSQ PSSIRGTLNQ YQLNQTSLSR IPFLSLKSTL KPLKRLSVKA AVSQNSTKTL TKESASSFDH CFKKSSDGFL YCEGTKVQDI METVEKRPFY 101: LYSKPQITRN LEAYKEALEG VRSVIGYAIK ANNNLKILEH LRSLGCGAVL VSGNELRLAL LAGFDPTKCI FNGNGKSLED LVLAAQEGVF VNVDSEFDLN 201: NIVEASRISG KQVNVLLRIN PDVDPQVHPY VATGNKNSKF GIRNEKLQWF LDEVKAHPKE LKLVGAHCHL GSTITKVDIF RDAAVLMIEY IDEIRRQGFE 301: VSYLNIGGGL GIDYYHAGAV LPTPMDLINT VRELVLSRDL NLIIEPGRSL IANTCCFVNH VTGVKTNGTK NFIVIDGSMA ELIRPSLYDA YQHIELVSPT 401: PPEAEVTKFD VVGPVCESAD FLGKDRELPT PPQGAGLVVH DAGAYCMSMA STYNLKMRPP EYWVEEDGSI TKIRHAETFD DHLRFFEGL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)