AT5G09680.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : reduced lateral root formation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RLF (Reduced Lateral root Formation). Involved in lateral root formation. Contains a cytochrome b5-like heme/steroid binding domain. Localized in the cytosol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
reduced lateral root formation (RLF); FUNCTIONS IN: heme binding; INVOLVED IN: lateral root formation; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: stem, root, flower, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome b5, heme-binding site (InterPro:IPR018506), Cytochrome b5 (InterPro:IPR001199); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome B5 isoform A (TAIR:AT1G26340.1); Has 3049 Blast hits to 3033 proteins in 420 species: Archae - 2; Bacteria - 7; Metazoa - 694; Fungi - 1150; Plants - 759; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 437 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2999362..3000185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23698.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 211 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDTSRDDDFT FSKVSPPDSE VKDLASDVGS ITLKDGLDQQ KSNGLIWKDK SLPPKEETIG SLSFTVTDSS SSKKQSNESS ETFKTPARKP ITRTKVPFEK 101: GYSQMDWLKL TRTHPDLAGL KGESNKRLIP MDEVKKHRTG DSMWTVLKGR VYNISPYMNF HPGGVDMLMK AVGRDGTLLF NKYHAWVNVD ILLEKCLVGV 201: LDDTKVKKQE P |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)