AT5G08620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Similar in sequence to DEAD-box RNA helicases. Binds RNA. Involved in drought, salt and cold stress responses. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
STRESS RESPONSE SUPPRESSOR 2 (STRS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT5G08610.1); Has 41509 Blast hits to 40723 proteins in 3007 species: Archae - 766; Bacteria - 20755; Metazoa - 6012; Fungi - 4615; Plants - 2552; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 6795 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2794540..2797548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62498.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 563 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSDGPKSGK KRREIRAKLV KKLTSDEDGS GKLVKDNNKS LKRGREGKSD VDEPLIKKPA STTPLVTQIA KTSDSYLSKT RFDQFPLSPL TLKGIEDAGF 101: KTMTVVQEAT LPLILQGKDI LAKAKTGTGK TVAFLLPSIE AVIKAPPASR DNRHPPIIVL VVCPTRELAC QAAAEANILL KYHPSIGVQV VIGGTKLPTE 201: QRRLQKSPCQ ILVATPGRLK DHIDNTSGFA TRLMGVKVLV LDEADHLLDM GFRREIERII AAVPKQRQTF LFSATVSDEV RQICHVALKR DHEFVNCVQE 301: GAGETHQKVS QMYMIASLDR HFSLLYGLLK KHITDNVGYK VIIFCTTAMV TRLVADLLGK LSLNVREIHS RKPQSYRTRV SDEFRKSKSI ILVTSDVSAR 401: GVDYPDVSLV VQMGLPSDRE QYIHRLGRTG RKGKEGEGVL LLAPWEEYFL SSVKDLPITK SSLPPIDHEA VKKVQKGLIQ VEMTNKEAAY QAWLGYYKSQ 501: KKIARDTTRL VELANEFSRS MGLSIPPAIP VNILGKMGLK NVPGIRVAPG FDKKPAKRNY RSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)