AT5G07280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes EMS1 (EXCESS MICROSPOROCYTES1), a putative leucine-rich repeat receptor protein kinase that controls somatic and reproductive cell fates in Arabidopsis anther. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EXCESS MICROSPOROCYTES1 (EMS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat, typical subtype (InterPro:IPR003591), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase (TAIR:AT4G20140.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2285088..2288666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 129807.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1192 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAFLTALFLF LFFSFSSSAI VDLSSETTSL ISFKRSLENP SLLSSWNVSS SASHCDWVGV TCLLGRVNSL SLPSLSLRGQ IPKEISSLKN LRELCLAGNQ 0101: FSGKIPPEIW NLKHLQTLDL SGNSLTGLLP RLLSELPQLL YLDLSDNHFS GSLPPSFFIS LPALSSLDVS NNSLSGEIPP EIGKLSNLSN LYMGLNSFSG 0201: QIPSEIGNIS LLKNFAAPSC FFNGPLPKEI SKLKHLAKLD LSYNPLKCSI PKSFGELHNL SILNLVSAEL IGLIPPELGN CKSLKSLMLS FNSLSGPLPL 0301: ELSEIPLLTF SAERNQLSGS LPSWMGKWKV LDSLLLANNR FSGEIPHEIE DCPMLKHLSL ASNLLSGSIP RELCGSGSLE AIDLSGNLLS GTIEEVFDGC 0401: SSLGELLLTN NQINGSIPED LWKLPLMALD LDSNNFTGEI PKSLWKSTNL MEFTASYNRL EGYLPAEIGN AASLKRLVLS DNQLTGEIPR EIGKLTSLSV 0501: LNLNANMFQG KIPVELGDCT SLTTLDLGSN NLQGQIPDKI TALAQLQCLV LSYNNLSGSI PSKPSAYFHQ IEMPDLSFLQ HHGIFDLSYN RLSGPIPEEL 0601: GECLVLVEIS LSNNHLSGEI PASLSRLTNL TILDLSGNAL TGSIPKEMGN SLKLQGLNLA NNQLNGHIPE SFGLLGSLVK LNLTKNKLDG PVPASLGNLK 0701: ELTHMDLSFN NLSGELSSEL STMEKLVGLY IEQNKFTGEI PSELGNLTQL EYLDVSENLL SGEIPTKICG LPNLEFLNLA KNNLRGEVPS DGVCQDPSKA 0801: LLSGNKELCG RVVGSDCKIE GTKLRSAWGI AGLMLGFTII VFVFVFSLRR WAMTKRVKQR DDPERMEESR LKGFVDQNLY FLSGSRSREP LSINIAMFEQ 0901: PLLKVRLGDI VEATDHFSKK NIIGDGGFGT VYKACLPGEK TVAVKKLSEA KTQGNREFMA EMETLGKVKH PNLVSLLGYC SFSEEKLLVY EYMVNGSLDH 1001: WLRNQTGMLE VLDWSKRLKI AVGAARGLAF LHHGFIPHII HRDIKASNIL LDGDFEPKVA DFGLARLISA CESHVSTVIA GTFGYIPPEY GQSARATTKG 1101: DVYSFGVILL ELVTGKEPTG PDFKESEGGN LVGWAIQKIN QGKAVDVIDP LLVSVALKNS QLRLLQIAML CLAETPAKRP NMLDVLKALK EI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)