AT5G04490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vitamin E pathway gene 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with phytol kinase activity involved in tocopherol biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vitamin E pathway gene 5 (VTE5); FUNCTIONS IN: phytol kinase activity, phosphatidate cytidylyltransferase activity; INVOLVED IN: vitamin E biosynthetic process, phospholipid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidate cytidylyltransferase (InterPro:IPR000374); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Phosphatidate cytidylyltransferase family protein (TAIR:AT5G58560.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1279867..1281587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33091.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 304 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATLPLSPI NHQLCRFGNN SLTTHRFCSP GFLISSPCFI GLTGMGSATQ LRARRSLISS AVATNSLLHD VGATVAVLGG AYALVLSFES LTKRNVIQQS 101: LSRKLVHILS GLLFVLAWPI FSGSTEARYF AAFVPLVNGL RLVINGLSIS PNSMLIKSVT REGRAEELLK GPLFYVLALL FSAVFFWRES PIGMISLAMM 201: CGGDGIADIM GRKFGSTKIP YNPRKSWAGS ISMFIFGFFI SIALLYYYSS LGYLHMNWET TLQRVAMVSM VATVVESLPI TDQLDDNISV PLATILAAYL 301: SFGY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)