AT5G01490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.919 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cation exchanger 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cation/proton antiporter, a member of low affinity calcium antiporter CAX2 family. Involved in root development under metal stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cation exchanger 4 (CAX4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sodium/calcium exchanger membrane region (InterPro:IPR004837), Calcium/proton exchanger superfamily (InterPro:IPR004798), Calcium/proton exchanger (InterPro:IPR004713); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cation exchanger 1 (TAIR:AT2G38170.3); Has 3152 Blast hits to 2978 proteins in 994 species: Archae - 25; Bacteria - 1749; Metazoa - 60; Fungi - 737; Plants - 238; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 343 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:195589..198465 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49612.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 454 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSISTESSS NLSLLENGGG GSDKPTAETS RRVRRTVSAS SLIRKRSDLK LISRVRWEFM RRILTNLQEV LLGTKLFILF PAVPLAVVAH RYDCPRAWVF 101: ALSLLGLTPL AERISFLTEQ IAFHTGPTVG GLMNATCGNA TEMIIAILAV GQRKMRIVKL SLLGSILSNL LFVLGTSLFL GGISNLRKHQ SFDPRQGDMN 201: SMLLYLALLC QTLPMIMRFT MEAEEYDGSD VVVLSRASSF VMLIAYLAFL IFHLFSSHLS PPPPPLPQRE DVHDDDVSDK EEEGAVIGMW SAIFWLIIMT 301: LLVALLSDYL VSTIQDAADS WGLSVGFIGI ILLPIVGNAA EHAGAVIFAF RNKLDITLGI ALGSATQIAL FVVPVTVLVA WTMGIEMDLN FNLLETACFA 401: LSILVTSLVL QDGTSNYMKG LVLLLCYVVI AACFFVSNSP STETNTTNHT ITKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)