AT4G39920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C-CAP/cofactor C-like domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Microtubule-folding cofactor, produces assembly-competent alpha-/beta-tubulin heterodimers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PORCINO (POR); FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: tubulin complex assembly, cytokinesis; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CARP motif (InterPro:IPR006599), C-CAP/cofactor C-like domain (InterPro:IPR017901), Tubulin binding cofactor C (InterPro:IPR012945); Has 497 Blast hits to 493 proteins in 165 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 222; Fungi - 88; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 122 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18515882..18516919 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38311.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 345 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDDGQSSVA ETLDPALQKK HHDMLERLSA RHQARKSDSP DSSSSSSSTL ESTSSFLAKF SDSKRSIESR IAESRLASSS TDSSKLKSDL AEISVAIDNL 101: EKLLAENSYF LPSYEVRSSL KIVSDLKQSL DILSGELVPK KKFSFKSKST TKKPESKLPE IQKPDVVLPP KLVPVRDSPG LRNKHGETLV KSFEGSSIGE 201: FTLSDLDSCQ VKLTGTVNAL FLHRLKKCSV YTGPVIGSIL IDDVEDCVLV LASHQIRIHC ARKSDFYLRV RSRPIIEDSN GVRFAPYCLD YKGIDEDLKT 301: AGLEEETNNW ANVDDFRWLR AVQSPNWSLL PEEERVSLLT ISGDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)